A Assistência Social da APAE de Niterói é responsável por organizar e estruturar os serviços socioassistenciais voltados para as pessoas com deficiência e suas famílias, tendo como princípios as diretrizes do Sistema Único de Assistência Social (SUAS) e Sistema Único de Saúde (SUS). No âmbito institucional, é referência no acolhimento aos usuários e atua na interlocução entre os setores institucionais. A área da assistência social da APAE Niterói tem suas ações voltadas para a defesa de direitos e apoio à família; habilitação e reabilitação social.